In Factory Funner zijn de spelers fabrieksmanagers die machines selecteren en installeren. Ze proberen alle in- en uitvoerleidingen van de machine aan te sluiten op de juiste reservoirs of op andere machines om zo de meest winstgevende configuratie te bouwen. Een nieuwe machine levert inkomsten op. Andere dingen die je bouwt (reservoirs en connectoren (pijpleidingen)) kosten 1K geld per stuk.
In elke spelronde mogen de spelers één machine (uit een aantal machines gelijk aan het aantal spelers) tegelijk kiezen, wat betekent dat de spelers snel mogelijke aansluitingen proberen te bepalen en dan de gewenste tegel pakken. Maar door te snel te kiezen, riskeer je een machine te nemen die niet goed past... Als je in een machine past, is het een belangrijke tactiek om de meeste en beste opties voor het aansluiten van toekomstige machines te behouden!
Na acht ronden wint de speler met het meeste geld.
De tweede editie van dit spel - Factory Funner&Bigger - heeft dezelfde gameplay als de originele versie, maar met een diepere doos, meer aansluitingen, en iets andere kleuren voor een betere bruikbaarheid, en zonder de "spring"-machine omdat deze een hoge geluksfactor had en de regels moeilijk te volgen waren tijdens het spelen.