Dans Kodama 3D, les joueurs feront pousser des arbres dans un espace en trois dimensions. Les joueurs déplacent leurs pièces de kodama autour d'une grille 4x4 de tuiles de branches afin de choisir les branches qu'ils souhaitent ajouter à leur arbre. Lorsqu'un joueur ajoute à son arbre une branche qui ne correspond pas à ce qu'il touche, il choisit une carte objectif parmi celles disponibles. Une fois que tous les joueurs ont placé 12 branches sur leur arbre, les joueurs marquent toutes leurs cartes de but. Le joueur avec le plus de points gagne.