In Kodama 3D laten spelers bomen groeien in een driedimensionale ruimte. Spelers verplaatsen hun kodama-stukken rond een 4x4 raster met taktegels om de takken te plukken die ze aan hun boom willen toevoegen. Wanneer een speler een tak aan zijn boom toevoegt die niet overeenkomt met wat hij aanraakt, kiest hij een doelkaart uit de beschikbare doelen. Nadat alle spelers 12 takken op hun boom hebben geplaatst, scoren spelers al hun doelkaarten. De speler met de meeste punten wint.